El Molí de l’Escala es troba situat a un antic molí fariner amb més de 23 segles d’història. Les seves pedres ens parlen de l’antic passat grecorromà d’Empúries: la via Heràclea, la primera gran via de comunicació del que avui es coneix com a comarques de Girona, i que unia la península ibèrica amb la italiana, creua pel bell mig de l’edifici.